Si en un primer momento los biocarburantes usaron materia prima basada en fuentes de alimentación, los de segunda generación evitan este conflicto gracias al uso de la biomasa. Todas ellas requieren un cierto nivel de mezcla con diesel fósil. Ahora se habla de las microalgas como alternativa capaz de sustituir en su totalidad al diesel convencional. Las microalgas necesitan luz, agua y CO2 para su crecimiento. Gracias a la fotosíntesis son capaces de producir diversas sustancias, entre ellas ácidos grasos, que son los más interesantes para producir biodiesel. Las algas tienen un rápido crecimiento (en 15 días pueden desarrollarse). Lo difícil es encontrar la especie más adecuada para la alta producción de aceite y que no se deje contaminar por otras especies. No queda claro que cantidad de tipos de algas existen. Se han tipificado más de 65.000 diferentes. Las microalgas regeneran el ambiente, ya que son grandes fijadoras de CO2. Esto se traduciría en una reducción de los gases de efecto invernadero al mismo tiempo que se genera biocombustible. Actualmente existen diferentes sistemas de cultivo de microalgas. El más novedoso es el cultivo cerrado en altura. Las perspectivas son prometedoras.
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